Hlavní činností Městské charity České Budějovice je poskytování sociálních a zdravotních služeb na území města České Budějovice a přilehlých obcí. Městské charity České Budějovice je členem organizace Charita Česká republika, která je v rámci sítě Charit největším nestátním poskytovatelem sociálně zdravotních služeb v ČR.